Migdałek gardłowy (trzeci) jest niewidoczny gołym okiem. Umiejscowiony jest za podniebieniem miękkim oraz języczkiem do tyłu i do góry podążając po tylnej ścianie gardła. Organ ten tworzy tkanka limfatyczna obejmująca komórki likwidujące drobnoustroje a także wytwarzającej przeciwciała. Migdałek gardłowy wraz z migdałkami bocznymi (podniebiennymi) i innymi mniejszymi zbiorowiskami tkanki limfatycznej (m.in. migdałki trąbkowe, językowe) - buduje barierę ochronną organizmu (tzw. pierścień chłonny gardłowy).